微生物肥料是活體肥料，它的作用主要靠它含有的大量有益微生物的生命活動代謝來完成。只有當這些有益微生物處于旺盛的繁殖和新陳代謝的情況下，物質轉化和有益代謝產物才能不斷形成。因此，微生物肥料中有益微生物的種類、生命活動是否旺盛是其有效性的基礎，而不像其它肥料是以氮、磷、鉀等主要元素的形式和多少為基礎。

正因為微生物肥料是活制劑，所以其肥效與活菌數量、強度及周圍環境條件密切相關，包括溫度、水分、酸堿度、營養條件及原生活在土壤中土著微生物排斥作用都有一定影響，因此在應用時要加以注意。

近年來，微生物菌因其具有改善土壤理化性狀、提高農產品產量和品質的功效，日益受到市場的歡迎，但因見效慢、產品質量參差不齊等原因，市場推廣受到影響。

微生物菌劑是指目標微生物(有效菌)經過工業化生產擴繁后，利用多孔的物質作為吸附劑(如草炭、蛭石)，吸附菌體的發酵液加工制成的活菌制劑。這種菌劑用于拌種或蘸根，具有直接或間接改良土壤、恢復地力、預防土傳病害、維持根際微生物區系平衡和降解有毒害物質等作用。

農用微生物菌劑恰當使用可以提高農產品產量、改善農產品品質、減少化肥用量、降低成本、改良土壤、保護生態環境。

按劑型可分為：液體、粉劑、顆粒型；

按內含的微生物種類或功能特性可分為：根瘤菌菌劑、固氮菌菌劑、解磷類微生物菌劑、硅酸鹽微生物菌劑、光合細菌菌劑、有機物料腐熟劑、促生菌劑、菌根菌劑、生物修復菌劑等；

按照復合方式分為：單一微生物菌劑和復合微生物菌劑。

1、減少病蟲害，增強作物的抗病能力。

微生物肥料中的有益微生物在作物根系周圍大量生長繁殖，形成優勢菌群，占據病原微生物的生存空間，阻擋了病原微生物對作物的侵害。其次，微生物所分泌的殺蟲抗菌類物質，具有一定的殺蟲抗菌作用。這些物質在根部能夠增強了作物的抗病能力，使作物避免土傳性病原菌的侵害，降低發病率。

2、促進生長，增加產量。

使用微生物肥料后，微生物產生的如赤霉素、生長素和其他生理活性物質，促進了作物的生長發育，特別是根系發育，發達的根系提高了作物養分吸收能力，使作物的生長發育速度加快。尤其是一些光合細菌制劑，噴灑在作物葉面后，作物枝葉茂盛，葉面積增大，使作物的光合作用顯著增強，作物生長加速，開花早、結果多、產量高。

3、改善產品品質。

由于微生物的活動，均衡了土壤中養分的供應，防止了作物對N素肥料的過量吸收，蛋白質、糖分、維生素含量提高，硝酸鹽含量下降，作物品質明顯改善，口味好、保鮮時間延長。據實驗測定，施用微生物肥可使產品中硝酸鹽含量降低20-30％，維生素C含量提高30-40％，可溶性糖提高1-4度。可以有效地改善蔬菜和果品的外觀，提高氨基酸含量、降低重金屬等有害物質含量。

4、改善土壤結構，提高土壤肥力。

微生物肥料中有益微生物能產生糖類物質，占土壤有機質的0.1%，與植物粘液，礦物胚體和有機膠體結合在一起，可以改善土壤團粒結構，增強土壤的物理性能和減少土壤顆粒的損失，在一定的條件下，還能參與腐殖質形成。所以施用微生物肥料能改善土壤物理性狀，有利于提高土壤肥力。

5、提高化肥利用率。

微生物菌劑有效菌大多能分解土壤中有機質，有機質分解過程中生成腐殖酸，腐殖酸與土壤中的氮形成腐殖酸銨，可減少氮肥的流失。解鉀溶磷有效菌能將土壤中固化的化學鉀肥、化學磷肥分解轉化為速效鉀、速效磷，提高其利用率，降低生產投入，減少資源浪費。

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