單純的無機化肥的施用的弊端已經很明顯，為了減少無機化肥的施用各種煙草肥料的開發和利用都在發展。充分發展有機-無機復合肥，微生物菌肥不僅能夠改善土壤的理化性質，生物性狀，有效地提高肥料利用率，減少土壤固定，改善后期營養，調節植株株代謝，增強根系吸收能力，提高作物品質。同時同時微生物菌劑中的有益微生物能夠快速活化士壤養分，改善根際營養;能夠提高土壤酶的活性;能夠合成土壤腐殖質，促進團粒結構的形成:抑制有害菌系，增強植株的免疫能力，提高抗性具有無毒、無害、無污染、營養全、肥效長、充分利用現有資源等優點。因此微生物菌劑是我國今后肥料發展的重要一環。發展菌肥:菌肥作為新型肥料，人們對它的認識經歷了很多階段，現在人們都已意識到，菌肥相較于化肥有許多明顯的優勢。我國煙草種植區，除了部分煙田輪作外，煙田多一年一作，多年連作現象也比較多，煙田冬天裸露，水分損失比較大，而春季經常干旱，土壤墑情不足。如若能因地制宜地施用菌肥，可以起到養地，保水和改良土壤的效果。使用控釋肥料和緩釋肥料可以節省肥料，提高肥料的利用率。瓦廷氏利用硝酸鉀包膜肥料在砂壤上試驗取得了較好的效果。因而應當研制控釋緩釋鉀肥，延長鉀肥的供應時間，減少土壤的固定，提高肥料的利用率，減少施肥的次數。發展高濃度、高效的地區煙草專用復合肥。國產復合肥多數為中低濃度，今后應當選擇合適的氮、磷、鉀源，發展高度的復合肥，并進行有機和無機復合，并添加菌種、増效劑、土壤改良劑等，一肥多效，從而提高經濟效益。