冬季，溫度相對較低，微生物菌肥必須保持在低溫(最適溫度4~10°C)，涼爽、通風、避光，以免失敗。有些菌株需要特定的溫度范圍，如哈茨木霉需要在2-8攝氏度的恒溫箱中保存一年，而有些芽孢桿菌則需要依靠生產質量，主要取決于產孢水平，高產孢量可以保存一年半或更長時間，產孢量不好，半年內到期，菜農應慎重選擇菌肥產品。

你不能因為便宜選擇過期的產品，這樣的生物菌含量很小，失去功效，一般兩年以上的生物菌肥要慎重選擇..

在施用過程中，應避免陽光直射；浸泡時應在根部加水，使根部完全吸收。浸根后，應及時種植，覆蓋土壤，不應與農藥和化肥混用。特別是為了防治根莖病害，許多菜農使用農藥灌溉根部，如多菌靈、硫酸銅等，可以控制真菌和細菌，但對細菌肥料中的有益細菌也有殺滅作用，因此建議施用菌肥后不宜使用農藥灌溉根。

微生物菌肥的使用必須提供足夠的有機肥，有機質是微生物的主要能源，有機質的分解也能提供微生物的養分。因此，有機肥必須與生物肥料配合施用，所以菜農應配合施用有機肥和其他有機肥，這樣不僅可以加快有機肥的成熟速度，而且可以促進植物區系的形成，提供菌肥的肥效。因此，氮、磷、鉀和微量元素的充足供應是必要的。例如，在豆科作物生長初期，需要提供適量的氮，以促進作物生長和根瘤發育，增加固氮量；磷肥的施用可以起到“磷增氮”的作用；適量的鉀鈣營養有利于微生物的大量繁殖；鉬是根瘤菌合成固氮酶的重要元素，鉬與根瘤菌的組合能顯著提高固氮效率。分享來自新未來生物技術。