菌肥當中含有多種有益微生物，能夠改善土壤結構，促進農作物更好的吸收土壤中的營養，很多人反映，生物菌使用之后，并沒有多大的效果，那么效果不明顯的原因是什么呢？

1、土壤菌肥不匹配

土壤有酸堿之分，生物菌肥也是多種多樣的，中性和微酸性土壤宜施細菌性有機菌肥。堿性土壤宜施絲狀微生物的藻類有機菌肥，施用后能固定空氣中的氮，幫助果樹利用其他狀態存在的氮素養分。而酸性土壤施了堿性有機菌肥，酸堿中和降低了肥效，也使菌種受到傷害。有些菌是需氧性很強的菌種，如放線菌、霉菌類等施在板結透氣性差的土壤中，別說發酵繁殖，菌種本身都難以成活。

2、土壤理化性狀惡化

菌肥中的菌賴以生存的條件是有機質。而我國大部分土壤板結問題嚴重，土壤透氣性差，使得一些厭氣菌大量繁殖，如鐮刀菌、齊整小核菌等。

更嚴重的是有機質極度缺乏破壞了土壤的團粒結構，降低了土壤的保肥保水能力。沒有了有機質，菌肥中的菌種就失去賴以生存的條件不能繁衍生存，也就無法發揮作用。

3、土壤不利于微生物存活

果園多年不施有機肥和淺施無機肥，造成土壤板結，存氧量差，根系生長緩慢。土壤pH值發生變化。除草劑在土壤中的殘留直接破壞了土壤的團粒結構使土壤中的微生物死亡。