新型肥料微生物菌肥的主要作用：

能夠直接或間接地為作物生長提供必需的營養成分；調節土壤酸堿度、改良土壤結構、改善土壤理化性質和生物學特性；調節或改善作物的生長機制；改善肥料品質、性質或能提高肥料的利用率。

按其本身性質和功能可分為大致五類：

微量元素肥料：具有一種或幾種微量元素標明量的肥料。這類肥料中含有一種或幾種對作物生長發育所必需的、但需要量很少的營養元素，包括錳、硼、鋅、鉬、鐵、銅等。市場上主要的品種有：硫酸錳、硼砂（硼酸）、硫酸鋅、鉬酸銨、硫酸亞鐵、硫酸銅及各種微量元素混合的肥料。
       

微生物肥料：由一種或數種有益微生物、培養基質和添加劑培制而成的生物性肥料，通常也叫菌劑或菌肥，包括固氮菌類、磷細菌、鉀細菌、抗生菌類，還有具有加速有機肥堆腐速度、除臭等功能的微生物菌劑。微生物肥料除含有生物性活性的微生物以外，還含有調節植物生長的多種調節劑、復合菌劑和復合微生物肥料。
       

調節劑類：用于改善土壤的物理、化學和生物學性質和植物生長機制的物質。主要類型有土壤調理劑、植物生長調節劑類。
       

氨基酸肥料：能夠提供各種氨基酸類營養物質的物料統稱為氨基酸類肥料。目前主要是利用動物皮毛和下腳料經水解后加工而成，也有利用微生物轉換化生產氨基酸肥料。市場上氨基酸肥料多為氨基酸和微量元素等復合（絡合）而成的復合氨基酸肥料。
       

腐植酸肥料：富含腐植酸和標明一定無機養分的肥料。以泥炭（草炭）、褐煤、風化煤、秸稈和木屑等為主要原料，經過化學處理或再摻入無機肥料而制成。主要肥料品種有：腐植酸銨、生化黃腐酸和腐植酸復合肥。