（1）要認真理解微生物菌劑的功用與運用條件，有針對性的運用菌劑。固氮菌只能用于具固氮才能的豆科、牧草等作物，且不同作物所適用的菌種不一樣；磷細菌、硅酸鹽細菌適用緩效態磷、鉀含量豐厚的土壤。 

　　（2）生物有機肥料必需深施入土，避免陽光直接映照殺傷微生物。 

　　（3）生物有機肥料最好集中運用在作物根部，微生物在作物根系四周構成有益生態環境，促進作物生長。 

　　（4）生物有機肥料不宜與殺菌劑或其它農藥混合運用，以免影響肥效。 

　　（5）微生物菌肥適合施用的時間是清晨和黃昏或無雨陰天這樣能夠防止陽光中的紫外線將微生物殺死。

　　（6）微生物菌肥應防止高溫干旱條件下運用。施用微生物肥料時要留意溫、濕度的變化，在高溫干旱條件下，微生物生存和繁衍會遭到影響，不能充沛發揮其作用。 

　　（7）微生物菌肥不能長期泡在水中，在水田里施用應干濕灌溉，促進微生物活動。以好氣性微生物為主的產品，則盡量不要用在水田。嚴重干旱的土壤會影響微生物的生長繁衍，微生物菌肥合適的土壤含水量為50%-70%。 

　　（8）微生物菌肥能夠單獨施用，也能夠與其他肥料混合施用。但微生物菌肥應防止與未腐熟的農家肥混用。與未腐熟的有機肥混用，會因高溫殺死微生物，影響肥效。同時也要留意防止與過酸過堿的肥料混合運用。 

　　（9）微生物菌肥應防止與農藥同時運用。化學農藥都會不同水平地抑止微生物的生長和繁衍，以至殺死微生物。不能用拌過殺蟲劑、殺菌劑的工具裝微生物肥料。微生物肥料不宜久放，拆包后要及時施用，一次用完，包裝袋翻開后，其他菌就可能侵入，使微生物菌群發作改動，影響其運用效果。 

　　（10）防止自覺施用微生物菌肥。 

　　微生物菌肥主要是提供有益的微生物群落，而不是以提供礦質營養營養為主，因而微生物菌肥不可能完整替代常用肥料。 

　　（11） 留意微生物菌肥的肥效條件。 

　　微生物菌肥肥效的發揮既受其本身要素的影響，如肥料中所含有效菌數、活性大小等質量要素；又遭到外界其他因子的限制，如土壤水分、有機質、pH值等影響，因而微生物肥料從選擇到應用都應留意合理性。